目前，FAT16文件系统通常只用于容量不大的存储卡，误格式化时也通常被格式化成同类的FAT16文件系统。

在默认情况下，格式化程序会自动以一个较为适合的参数设置进行格式化，对于同样大小的存储介质，这个参数组成通常是相同的。这也就意味着，新建里的文件系统，除DBR为之一定重合外，它的FAT1、FAT2及根目录位置都有可能是重合的。换句话说，新文件系统的建立过程就是清除原FAT1、FAT2和根目录的过程。

如果是FAT16以同参数重新格式化为一个新的FAT16，由于其根目录被破坏，直接存放于根目录下的文件将无法以目录结构的方式恢复，因为它们的目录项已经不存在了，恢复程序无法得知他们的存在，要想恢复这些数据，只能根据文件类型进行恢复。

另外，由于根目录的丢失，在根目录下建立的文件夹，其名字将无法恢复，这也是因为它们的目录项已经不存在了。数据恢复软件只能搜索二级子目录，并由二级子目录开始向下一级子目录伸展，从而形成目录树结构。

这个过程，也要取决于子目录的大小，因为如果一个子目录较大，不只占用一个簇，同时如果为其分配的多个簇间又不是连续存储的，恢复软件将无法判定他们之间的关系，只能将后续簇作为一个独立的子目录进行处理。

还有，FAT表丢失后，其数据的可恢复性取决于数据是否是连续存储的。对于目录项完好且连续存储的数据，可以完整地恢复。片段化的文件将难以完整地恢复，除非单独进行碎片分析与整理，而这要取决于该类型文件是否存在可以利用的结构特征。